为了实施登6作战，还专门进行了船体改造和登6演习，所花费的人力物力财力都不是小数目。不过从目前的状况来看，这些准备工作似乎都显得有点多余了。第二艘运兵船已经顺利靠岸，当两个连的6军下到岸上架设起一道外围防御线之后，几乎已经可以确定十八芝很难再组织起有效的反扑把海汉民团重新赶下海了。
“我认为这可能是因为十八芝的主力作战部队已经撤走了。”钱天敦表了自己的看法：“想必郑芝龙现在已经不在马公港了，不然也不至于乱成这样，这分明就是树倒猢狲散的景象。”
钱天敦所料的确不差，郑芝龙在派出了第二支船队后不久，便离开了马公港。不过他并不是从这里乘船出海，而是折向澎湖岛内6，横穿澎湖之后，在岛东北端的白坑渔村搭船出海。
郑芝龙之所以选择这种比较麻烦的撤离方式，也是有他自己的安全考虑在里面。先如果他在众目睽睽之下从马公港率先离开，那么对于仍然没有来得及撤离的人员来说无疑会有一种被抛弃的感受，很容易引大的混乱不说，而且对他个人在十八芝中的形象也会起到负面影响。其次他很担心对手的船队随时杀到马公港，那时候即便船已经出海，也很难逃过海汉人那种高战船的衔尾追杀，因此他选择了从澎湖岛的另一头出海，在离开澎湖海域之后再寻求与大部队的会合。
值得庆幸的是郑芝龙所派出的两支阻击船队虽然都很快战败，但的确为十八芝争取到了非常宝贵的一段撤离时间，岛上的青壮几乎都已经在联军舰队抵达之前一个小时撤离了马公港，以最快的度往北方逃窜。被联军舰队堵在马公港的，几乎都是散兵游勇和装载闲散人员的船只了。
“追吗？”王汤姆看着已经接触到海平面的夕阳，征询颜楚杰和钱天敦的意见。
“算了，安全第一。今天还是先把马公港清理下来再说，明天再派船队去撵一撵十八芝的屁股吧。”颜楚杰稍一犹豫，最后还是选择了放弃追击。
钱天敦对此也持比较慎重的态度：“这里岛屿众多，我们对澎湖附近的海域又不熟悉，打夜战太冒险了，也没有冒这个风险的必要。还是先缓一缓，等明天再让舰队清理附近海域。”
两名同僚都建议稳重应对，王汤姆也不会坚持冒险作战，当下便通过电台通知另外两支舰队，让他们收拢队伍，开始对马公港码头进行清理。同时派船通知福建水师，让他们派船往南北两个方向沿海岸线进行搜索，看看澎湖岛沿岸是否还有尚未来得及撤离的海盗船队。
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