东兵和家属也因此被安置到辽东驻守。如位于辽阳的定辽左卫就是由五千六百名青州兵组成，而定辽右卫则全是莱州兵。
也正是基于这种密切的依赖和联系，在洪武二十九年进行全国按察司设置的时候，辽东都司的辖区就被编为了山东按察司下属的辽海东宁分巡道，司法监察事务都受山东管辖。几十年之后的正统年间，辽东全境的民政事务也正式划归给了山东布政司下属的辽海东宁分守道。
除了后勤转运职能之外，因为明朝国都当时还在南京，所以登辽海道也是从都城到辽东地区的主干道。如果绕行山海关走6路，行程要多出千里，因此除了运输物资之外，辽东官员任免、朝鲜使臣往来，也都是通过登辽海道进行运送。登州也是因此从州升级为府，获得了更高的行政地位。
登辽海运虽然在明初起到了稳固辽东统治基础的重要作用，但在进入明中期之后，因为国都北迁、登辽之间的地域利益冲突，以及朝廷实施海禁等原因，使得这条海上通道逐渐荒废直至禁绝，庙岛列岛也一度被流民、逃兵和海盗所占据。
到了万历年间，辽东边防形势日渐严峻，朝廷迫于无奈之下，又下令重开登辽海运。而援助辽东所需的物资和人员，大部分都着落在山东，给这一地区的社会安定和经济展都造成了沉重的压力。但这样的援助并没能拯救辽东战局，到天启年间，从辽东渡海逃到登莱的难民已有数万人之多，民间的地域冲突也越严重。
这些矛盾积怨在崇祯四年终于爆出来，辽军参将孔有德所率部队在吴桥生兵变，转而攻击山东各府县。而登州城内因为集中了大量的辽东难民，又是孔有德军的出地，当地居民获悉辽军兵变后，立刻对城内的辽人展开集体屠杀，而孔有德部在破城之后，出于报复也对城中的登州百姓进行了大屠杀。原本在明初建立起来的登辽互助关系，最终是以两地军民互相残杀的惨剧而告终。
其实在吴桥兵变之前，登莱巡抚孙元化、监军道王征已经在筹备以登州为战略基地，从海路进军收复辽东的作战计划。但孔有德这次叛乱将其计划彻底打乱，并且在1633年裹挟了大量人马和武器渡海逃往辽东归降了后金，之后便率部攻下了辽东半岛的旅顺口，彻底中断了登辽海上航道，并且也给之后的明清战局造成了深远的影响。
庙岛列岛由三十二个大小岛屿组成，位于渤海黄海交汇处，胶东半岛与辽东半岛之间的海域，总面积五十余平方公里。在登州丹崖山上极目远眺，就能看到如同镶嵌在碧波上的颗颗宝石一般的庙岛
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