不久署理司令。曾任陆海军大元帅统率办事处总务厅厅长。袁世凯称帝时，任大典筹备处委员。
同一天，黎通电各省报告处理内阁问题的经过。
电报说：“段总理任事以来，劳苦功高，深资倚畀。……乃日来阁员相继引退，政治莫由进行，该总理独力支持，贤劳可念。当国步阽危之日，未便令久任其难。本大总统特依《约法》第三十四条，免去该总理本职，由外交总长伍廷芳暂行代理，俾息仔肩，徐图大用。一面敦劝东海（徐世昌）出山，共膺重寄。其陆军总长一职，拟令王聘卿继任。执事等公忠体国，伟略匡时，仍冀内外一心，共图国是。”
同一天，段祺瑞乘车往天津，黎元洪派公府顾问丁槐赠以程仪一万元，并派侍从武官长荫昌代表送行。
段临行前发表漾电说：“……查共和各国内阁制，非经在任内阁总理副署，不能发生命令效力。以上各件（指以上三令），未经祺瑞副署，将来地方及国家因此生何影响，祺瑞一概不能负责。”
这个电报显然是表明总统以非法手段免去他的国务总理，不承认这个命令有效；电报末尾署名为“国务总理段祺瑞”，显然仍以在职的国务总理自居。
伍廷芳发表通电否认命令违法，他根据《约法》的第三十四条，解释总统有任免文武官吏之全权，并且举出“民元唐（绍仪）、熊（希龄）免职，陆（徵祥）、赵（秉钧）受代，先例具在，与《约法》皆无抵触”。
他是以北洋派之矛，攻北洋派之盾。因为更换内阁总理的命令，不经原任内阁总理副署，已由北洋派的创立者袁世凯开其端。而当时并未被认为违法，则这次发表的命令也不能认为违法。
袁垂危的时候，北洋系虽已四分五裂，可是段祺瑞和冯国璋却都各有千秋。段祺瑞在北京成立责任内阁，把握了政治的主流。可是在北京有好处也有坏处，坏处是行动要受到许多牵制。冯国璋在南京行动就可以自由得多，但也有坏处，坏处是距离北京的政治中心远了一点。
袁世凯死前，冯国璋正在南京召开“南京会议”。我们已经知道，冯召集这个会议的目的，是想在袁和反袁派中间，造成第三力量。以便挟袁以对付西南的护国军，又挟护国军以对付袁。
这时袁世凯对冯已不放心，所以他采取以毒攻毒的手法。派张勋督理安徽军务，仍然驻守徐州，派死党倪嗣冲为安徽省长，袁并且暗示张勋如果能驱逐冯，就派张督苏。由于张、倪联合起来捣乱南京会议，使南京会议无结果而散。
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