教育部递交过辞呈。五四运动爆发时，已经被免去文科学长职务的陈独秀，也没有像著名报人邵飘萍那样走到前台去直接煽动学生。
有记载：“1919年6月11日晚上，陈独秀到新世界散发《北京市民宣言》时，身边没有带一名青年学生，而是邀请安徽籍的成年人胡适、高一涵、程演生、邓初等人陪同前往。被捕之后他虽然表示认罪，却没有牵连到任何一个人。”
从倾向性看，蔡元培对学生运动的看法其实是比较负面的，尤其反对罢课，但五四运动于他或许是一个例外。5月4日的学生行动，可能是他在校长生涯中唯一一次“不去阻止他们”的经历。
在五四运动一周年后，各方都比较心平气和了，蔡元培在回顾五四时的一番公开讲话，仍能反映他对运动之“损失”的深深遗憾：
“人人都知道罢工、罢市损失很大，但是罢课的损失还要大”，他甚至说这场运动“实在是损失的分量突过功效”，故他告诫学生以后“无论何等问题，决不再用自杀的罢课政策”。在他看来，罢课不啻“自杀”，它杀掉的是“学问”，是“学术上的效能”，并会导致“虚荣心”，这样的损失是没法计算的，也是没法弥补的。
五四运动即使在那个时代，也应该是被肯定了的。特别是出席巴黎和平会议的代表，最终没有在合约上签字，当局为了回应民意，罢免了曹汝霖和章宗祥等后，可以说五四运动是大获全胜了。按着某些喜欢推过揽功的政客们的喜好，是要想尽办法和这运动扯上些关系，拉拉近乎的。
1924年12月4日，正在欧洲访学的蔡元培在写给傅斯年、罗家伦的回信中，坦诚地谈到了自己在五四运动中发挥的作用：“校中同人往往误以‘天之功’一部分归诸弟，而视弟之进退为有重要之关系。在弟个人观察实并不如此，就既往历史而言，六七年前，国内除教会大学而外，财力较为雄厚者惟北大一校，且校由国立而住在首都，自然优秀之教员、优秀之学生较他校为多，重以时势所迫，激刺较多，遂有向各方面发展之势力。然弟始终注重在‘研究学术’方面之提倡，于其它对外发展诸端，纯然由若干教员与若干学生随其个性所趋而自由申张，弟不过不加以阻力，非有所助力也。”
蔡元培这里的所说的“天之功”，应该是纵向的历史走向与横向的社会合力。蔡元培在这里所展现的，是自觉顺应时代潮流和社会合力，是既能兼容并包又能激流勇退的不居功的精神境界。这是很多的人最为缺乏也最为难能可贵的一种高尚境界。
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