始苏州知府潘自得还以为是正常的请愿，所以潘自得答应在城外设立粥棚。但是这些流民是有备而来，在有心人鼓动下，饥饿难耐的流民开始在苏州城中打砸抢。这时潘自得才发现事情闹大了，他一边给按察使衙门写求援信的同时，一面命令苏州城里的巡检司和城外的卫所前来城中镇压暴民。
可是这个关键时候巡检司的巡检和城外卫所的守备一起失踪，根本找不到行踪，而苏州城中两个附郭县的知县也没了影子，潘自得想要调集他们的衙役镇压流民也无处下手。
这时潘自得知道自己进了某些人的套，潘自得感觉不好趁着事态没严重前化妆跑了。城里流民的述求得不到满足，开始在城里放火，将苏州府衙、府学、吴县县衙等官署烧毁，同时还将苏州城中一些湖广人开办的商铺抢劫一空。
除了苏州，流民还将事件发生之地吴江县衙焚烧，将关在衙门中的张庆芳救了出去。这时事态已经不可控制，松江府的华亭县、青浦县，常州府的宜兴县、无锡县，浙江省湖州府的归安县、长兴县，嘉兴府桐乡县都有乱民活动，最远到应天府的溧阳县也发现有乱民蠢蠢欲动。至此，从神武八年十二月开始，一直到神武九年三月结束，席卷两省数十个县的太湖流域乱民暴动正式开始。
而作为整个江苏省最高长官的瞿式耜在二十九日当天才接到苏州的消息，接到消息后瞿式耜大吃一惊，在给皇帝上自辩折子的同时，马上调集手中掌管的巡检司部队进行镇压。巡抚掌管一省巡检司，但是等到瞿式耜想要征集部队时，才发现手下只能集中不要两千人，而这时只是苏州乱民就有两万多人，手下这两千人实在杯水车薪啊！没办法瞿式耜只好求到在扬州的两江总督余应桂。
余应桂在得知自己治下出现这么大的事也很吃惊，马上调集在南京的两万守城部队，准备派过去镇压乱民。可是哪知道余应桂的命令到了南京，南京步兵统领衙门的统领张崇伦竟然以南京重地不能擅离为由，只派出三千人配合巡抚瞿式耜。
最重要的时间就在各级官员的扯皮中消失殆尽，在余应桂不断的压力下，南京步兵统领衙门才在二月初派出一万人马交给瞿式耜，但是这时候什么都晚了，整个苏州已经被破坏的不成样子。
在三月底，瞿式耜好不容易才重新收复了苏州，但是周围各县还在乱民的控制下。瞿式耜在收复苏州后第一时间给皇帝上书，将事件的前因后果述说一边，然后强调这些都是苏州府知府潘自得和吴江县知县王章刻意妄为，不能将实情积极上报，这才让乱民不
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