事实上，同本愿寺关系真正好的，是被幕府架空了的皇室。
战国时代，群雄并起，你方唱罢我登场，天皇被这个幕府、那个大名，倒腾来、倒腾去，长年处于一种风雨飘摇的状态之中，本愿寺看出便宜，主动拿出自己的一部分香火钱，向天皇“进贡”这笔钱，数目或许不是很大，但对于穷嗖嗖的天皇来说，已算得上雪中送炭了。
于是，投桃报李，天皇锡赐本愿寺“御门迹”、门主“权僧正”这成为本愿寺权力合法性的来源，以及进一步开扩展势力的最重要的凭藉。
另外，既然土地、人民都掌握在幕府、大名手里，天皇只是一个空架子，本愿寺和皇室之间，便不存在任何前述大寺、大名之间的那种利益冲突，彼此只有需求而无冲突，本愿寺的“尊王”，就是顺理成章的了。
门主同公卿之间的世代联姻，既是“尊王”之必然，同时，也反过来加强了本愿寺“尊王”的倾向，将本愿寺和皇室更紧密的捆绑在一起。
而“尊王”和“倒幕”，在这个时代的日本，是有某种必然的逻辑联系的。
靠……
关卓凡重重的透了口气，心说，原时空的“倒幕”，本愿寺似乎并没怎么掺和呀，本时空，怎么就跳了出来，还扮演了那种“登高一呼”的“首义”角色呢？
他娘的！
他不能不再次提醒自己“埃姆斯密电”一计未售之时便已意识到了的一个重大变化因为自己的介入，时迄一八六八年，本时空较之原时空，已开始“面目全非”了。
自己这个“历史投机者”的“储备”，已经不够用了！
譬如，关卓凡虽然晓得本愿寺在日本的势力很大，可是，这个“大”，仅仅是一个抽象的概念，他无法确定，目下，这个“大”，到底在一个什么样的量级上？
他关于本愿寺的“储备”，到德川幕府建立的时候，基本上就“断篇儿”了。
如前所述，“一向宗”惯于在乱世、末世兴风作浪，国家一统、太平时节，大体上就消停了；而“幕末”虽然也算“末世”，但拢共没乱上几年，便尘埃落定，开始明治维新了这大约是本愿寺在“倒幕”中存在感不强的原因之一。
非不为也，来不及也。
另外，也是更重要的，“幕末”不同于日本历史上任何其他一个末世，新、旧的斗争、转化，前所未有，本愿寺自个儿大约也懵逼，搞不大清这个“末世”的状况，就有心再玩儿一次“一向一揆”，一时之间，也不晓得
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