率军投靠了后金，是为“东江之乱”。
于是在这种背景下，兵部尚书梁廷栋、登莱巡抚孙元化推荐毛文龙部将黄龙任东江总兵。
黄龙接任了东江总兵后，以铁腕策略斩杀了叛军刘兴治，清除了阴通后金的内奸，化解了岛上危机。但是，岛上的孔有德、耿仲明等人只服毛文龙，不肯服从黄龙的命令，还与黄龙发生冲突，所以最后他们率部投登莱巡抚孙元化。
崇祯四年（1631）八月，皇太极大举围攻大凌河城（今辽宁锦县），城中守将祖大寿大急，四下求救。孙元化令孔有德以八百骑赴援。兵至吴桥，遇大雪，部队给养不足，士兵与当地望族冲突引发哗变。
孔有德弹压不住，干脆一不做、二不休，发动兵变，攻陷登州，并派人招揽皮岛中诸将。当时黄龙分兵四出，抚定诸岛，诛杀叛逆。其本人引军驻扎旅顺口，以保证援军道路来往畅通。
后来孔有德、耿仲明在登州拘捕到了黄龙的母、妻及幼子。孔有德取黄母头上金簪招降黄龙。黄龙面对母亲的金簪，泪如雨下，却只是对簪跪拜，坚拒不降。
孔有德、耿仲明转而诱降黄龙十二岁的幼子，想通过小孩胁迫黄龙。但黄龙的幼子很有节气，破口大骂孔、耿二人，下场很惨，“被杀，头落几上”。黄龙的母、妻也随之被害。
崇祯六年（1633）二月，孔
有德、耿仲明在明朝官兵的围剿下，难于据守，航海遁去。黄龙预料孔有德等人必经旅顺，出兵邀击。
一番激战下来，黄龙军斩叛将李应元，生擒毛承禄、苏有功、陈光福及其党高志祥等十六人，获首级一千有奇，夺还妇女无算，献俘于朝。
孔有德等视为奇耻大恨，投降后金后，于崇祯六年（公元1633年）七月引后金的兵部贝勒岳托、户部贝勒德格类统率马步大军进犯旅顺。
本来，后金没有水军，缺乏攻坚炮火，得孔、耿降降献的战船百余只、红夷炮六七门，军力大振，此番以孔、耿做攻城先导，对旅顺乃是志在必得。
面对强敌，黄龙镇定自若，以固守旅顺为己任，挥军奋战，先后杀死信费英东之子纳海、参领岳乐顺、护军校额德、千总程国辅、骑都尉塔纳喀等多名后金将领。
但是战斗旷日持久，明军火药矢石俱尽，且后继无援，黄龙料定不能免，从容安排后事，对部将谭应华说：“敌众我寡，今夕城必破。若速持吾印送登州，不能赴，即投诸海可也。”意思就是能把大印送到登州就送到登州，不能送到
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