按照远征军的提交的方案，倭国区被划分为五个州，北海道、四国、九州分别为一州，本州则一分为二，化为两个州。
而因为倭国局势还不太稳定，暂时还不具备撤军的条件，故而在军事上倭国区设置了两个非常特殊的职位——倭国左右大都督！
以东京为界，整个倭国被分为两部分。其中东京以北，包括北海道在内，归右都督管辖，右都督府下辖嫡系战斗军团十二个，整编招揽投降军队一亿二千万，负责倭国北部治安工作。
东京以南，包括四国、九州归左都督管辖，左都督府帐下有嫡系战斗军团十三个，整编招揽而来的投降军队一亿六千万，全权负责倭国南部的军事行动。
理论上左右都督平级，日常工作中互不干涉，但实际上左都督地位比右都督高半级，遭遇大规模突发情况时，在商戢授权下左都督有权接管倭国军事大权，统一调度倭国所有军队。
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