东林党人布列朝堂，对魏忠贤集团实行“斩尽杀绝，除恶务尽”的政策，毛文龙因远在天边，是漏网之鱼之一。
朝臣仍不时在崇祯皇帝面前做他的文章，工科给事中潘士闻弹劾毛文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了毛文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。
大密度、大规模的弹劾，可以想象，毛文龙的日子很不好过。他多次上疏自辩：“为病变万难弥息，臣命万难保全等事疏：臣受数十疏捏谤以来，心如死灰！”
好一个心如死灰！可以说，朝中有人，再大的不法没人说，朝中无人，就算守法也不能幸免！
等到袁崇焕横空出世，他是进士出身，天生就看不起飞扬跋扈的武将（你要是象小颜这么会做人，老袁也就暂时放你一马，但要是放老袁巡抚福州，搞不好他也要斩了小颜），眼里揉不得沙子的袁崇焕有了“毛文龙可用就用，不可用就杀了他”的杀毛之心。
不过他也知道东江镇（皮岛）的重要性，而且颜大少连续来信，劝阻他说：“……顾虑日后，不可不慎！”
袁崇焕以阅兵为名，乘船到达皮岛，毛文龙前来会面。袁崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，毛文龙没有觉察袁崇焕的意思。袁崇焕同他商量更改营制，设立监司（就是由朝廷派监军），毛文龙很不高兴。
袁崇焕用离职返乡劝说他，大概就是说：“你辛苦了，现在给个机会给你，你停职留薪，回家乡享福吧！”
毛文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”
听听，非你莫属，领导是最不喜欢听这种话！
最终袁崇焕以毛文龙犯了（不设监军、欺骗君主、侵占军粮、劫掠商船、强娶民女等）十二条大罪为由将其拿下，请出尚方宝剑，斩了毛文龙！
接着分拨毛文龙的士兵二万八千人为四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。
袁回到宁远，把毛文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”
崇祯皇帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到毛文龙既已死去，当时又靠着袁崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。
不久又传旨公开毛文龙的罪行，用以稳定袁崇焕的心。
毛文龙既去，朝
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