都督府的职权，朕觉得没必要再通过总参谋部去督促执行，除非西南都督府不愿意接受朱总督的命令，这个时候总参谋部才有介入的必要。
朕不希望内阁或是总参谋部干涉，朱总督或是西南都督府正常行使自己的职权，同样朕也不希望朱总督越过西南都督府去指挥下面的军事机构，这对双方都没有什么好处。
当然有一点，总参谋部和内阁还是可以通知他们的，朝廷希望他们之间建立一个快捷稳定的通讯渠道，不要各行其事，从而让叛军找到了破绽。
此外，西南都督府原本无权指挥云南军队，但是此次平乱战争既然调动了云南军队，那么凡是参战的云南军队就必须服从于西南都督府的领导。”
虽然没有得到预期的要求，但黄立极还是得到了符合底线以上的结果，再次明确了总督领导西南都督府的政治序列，也就勉强接受崇祯的决定离去了。
待黄立极离去之后，朱由检叫住了孙承宗说道：“总参谋部这次派人下去改组西南都督府，朕会特别调拨50万元作为改组的经费。
另外再从军器监调拨12斤以下的轻便火炮若干，*若干，增强西南都督府新建步兵旅的军事力量。还有，调拨一部分*制作工匠，在重庆设立*工坊研制*，以作为西南都督府日常消耗之用。”
孙承宗对着崇祯点了点头说道：“臣也正打算向陛下申请一些经费，既然陛下已经考虑到了，那么西南之事必然不足为患了。
不过臣还有一事想要向陛下进谏，就算是击败了奢安两家土司，也并不代表西南就会平安无事了。自奢崇明、安邦彦叛乱以来，西南各省都有土司响应，臣以为这不是偶然之事。
而是我大明过去在西南地方的治理上出现了问题，所以这些土人与我汉人矛盾日积月累之下，都在近时爆发了出来。
正如陛下所言，播州土司叛乱之后有奢安之乱，奢安之乱之后又该轮到那家土司叛乱了呢？以朱燮元提出的作战方略，臣以为奢安叛军的时日已经无多了。
但是接下去，朝廷应当如何治理这些投降的叛乱土司，以为后来者戒，方才是重中之重。否则西南叛乱此起彼伏，就算朝廷每次都能镇压下去，恐怕也要耗尽国力了。”
朱由检沉默了下去，他知道孙承宗为什么说这番话。说到底，这位儒家出身的士大夫还是不赞同，他以同样铁血的手段对叛乱土司进行报复。孙承宗还是担心，过度的杀戮会引起西南各家土司的恐慌，从而使得明军在西南地区失去某些原本
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