内务部，负责内部管理，会众的培养与发展，类似于后世的组织部。
外务部，则负责对外的联系，外交与商贸。乃是外交、商务、统战和对外联络的综合机构。
安全部，则负责冯云山的保护工作；对中华复兴会所辖百姓的保护；对各类案犯、奸细间谍的抓捕缉拿，以及对敌人的破坏与暗杀活动。
教化部，则负责教化中华复兴会中兄弟和所辖百姓，发展教育和医疗卫生。
工匠部，则负责占领区的一切建设，发展房屋、交通、水利、矿场以及其他设施。
所有圣教会众，自动转为中华复兴会会员。
本来，冯云山只想将圣军编制整编改革一下，但随着他与手下的讨论和自己的思索，发现不改编圣教，便无法改编在圣教基础上成立的圣军。
圣教的改动，影响实在是太大，但冯云山已经意识到，随着太平军的进一步攻占南京城，建立起稳固地太平天国地方政权，依照洪秀全和杨秀清两人的性子，迟早跟原来的历史上一样，会实行一些天怒人怨的民间政策，尤其是禁止百姓有私有财物，所有一切要上交圣库，以及灭绝一切其他宗教、焚烧一切其他书籍的行为，导致民心大失。
因此，冯云山决定改组圣教，与将太平天国名声彻底搞坏的洪杨等人划清界限。
反正，理由已经找好了，天地会“逼”着自己这样做的！只要给自己一些时间，发展起来，便彻底不用与洪杨两人虚与委蛇。
紧接着，冯云山又宣布，废除原来的“太平圣军”称号和一切圣军有关编制、职务，设立“中华讨虏军”。
冯云山将中华讨虏军军制，在采用后世普鲁士和北洋军阀三三制军制的基础上，又稍微做了些修改。
随后，冯云山颁发了《中华讨虏军编制章程》。
《章程》首先规定了讨虏军的军制。
最基层的军队编制为班，最大编制为军。
由下往上依次为班、排、连、营、团、旅、师和军。
《章程》规定，中华讨虏军由中华复兴会唯一指挥，会长冯云山是最高统帅。
为加强中华复兴会对讨虏军的指导，连以上的建制单位，都必须成立分会，由上一级建制单位指派会员担任专职指导员，协助主官抓好军队的军事建设。
连、营级设对应级别的指导员，团级以上设中华复兴会执行委员，简称执委，主官本单位内的中华复兴会内部事宜，负责本部官兵的晋升、
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