韦昌辉担心的是，石达开离开天京，回到和州，便会召集他的部下，前来讨伐自己。加上天京城内的众多太平兵纯粹是观望态度，自己打着天王的旗号，这些太平兵才会听自己命令，若是一旦石达开也扬言他奉天王诏命，只怕到时就难说了。
因此，韦昌辉一方面下令韦以邦领兵追杀石达开，另一方面，他要抓紧时间掌控天京城。否则，一旦清妖反应过来，特别是扬州的江北大营数万清兵，可不是吃素的。幸好仪征和瓜洲两处水面，还驻扎着近二万的太平军水师，封锁着整个长江，否则，还真有可能被清妖趁虚攻打天京城。
此时，除了朝阳门守将金树本领兵逃走外，其余的聚宝门、仪凤门、通济门等东殿亲信部将，听说天京城内北王杀了东王，还在四处搜查捕杀东殿部属的消息后，也率其手下军士弃城而走，前往丹阳等地投奔东王的胞兄---国宗杨辅清去了。
这样一来，整个天京城内，只有二万不到的太平兵。不过，大部分都是普通军士，原本的中下层将领，都是隶属东王的部属，如今已经被北王的亲兵们斩杀得差不多了，连同城门守将，韦昌辉也任命自己的亲信、族人担任，目的自然是想早点彻底掌控天京城内的普通太平兵。
为了彻底抹平东王的影响，又觉得自己已经掌控了局面，韦昌辉这个时候才当众宣布，自己奉天王的诏命，诛杀想要谋逆造反的东王杨秀清及其同党，逆贼杨秀清已被斩杀，天京城内的东逆同党，除了被当场斩杀的，还有二千余人被抓捕关押着。
准备次日在天王府前，对东逆犯党进行公开处决。
因此，天京城内其余的太平军将领，为了证明与东逆无关，都必须前往天王府前的处决现场，检举东逆余党的罪行，并签字画押，亲眼见证处决。
韦昌辉这是准备将天京城内的所有将士都绑在自己的战车之上了。
可能是韦昌辉认为他已经将异己都肃清，整个天京城内，他已经独揽大权，可以随意翻云覆雨了。
于是，专横跋扈的韦昌辉，逼着洪秀全连下诏令，不但在天京城内更加肆无忌惮地安插他的亲信和族人任官职，而且，还调令天京城外征战的将领，替换成北殿的部属。
不但如此，韦昌辉让天王特意下了一道诏命，宣布翼王石达开也是东逆贼党，还勾结清妖，谋害天王，悬赏捉拿石达开。
这下，洪秀全苦恼了。
一听到韦昌辉宣布已经将杨秀清斩杀，原本还高兴了一下，以为以后可以高枕无忧了
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