八月中旬，武昌城中的主要湘军创始人罗泽南、王錱等，率领一干湘乡同乡将领多人，离开武昌返回湘乡。随后陈玉成率领甲三师、彭玉麟率领甲七师和乙十师，投降的韦俊、张子鹏率领原本的太平水师一共四万五千将士，于八月下旬攻破武昌城。曾国藩自尽，不过临时前命手下的湘军将士全部投降讨虏军，除了鲍超、李续宜、褚汝航和夏銮四将忠于满清，全部战死外，其余的湘军将领，悉数归降！另外还有俘虏的糊北巡抚青麟，也归降圣国。
随后，在九月初，甲三师和甲七师再加五千韦俊太平军，一同进军菏南，目前已经占领光州和信阳等地，正往南阳府、汝宁府和颍州府三地进军。
而最西路的川蜀之地，梁立泰率甲四师、罗琼树率甲六师，一北一南，夹击緟庆府城。沿长江一路攻占夔州府、忠州直隶州、石砫厅和叙州府、泸州、永川江津等地，不过緟庆城坚固异常，到九月中旬，仍是一直未能攻克。
东路京杭大运河上，这一路讨虏军进军最为坎坷曲折。
乙三师和乙六师以及石家兄弟率领的义一师，近四万水陆将士，在过了长江后，得到太平军水师黎振辉一部的投靠，大败清兵于三汊河大营，合力攻破了江北大营，斩杀清军四千余人，俘虏九千余人，缴获无数。尔后，于九月上旬围攻扬州城。
两江总督怡良和钦差大臣托明阿两人相互弹劾攻击，惹怒了咸丰，两人均被罢免官职，去职留任。
由于扬州城内的粮食都运往江北大营，导致城内缺粮，守城的两江总督怡良和一干手下，从城内百姓身上搜刮钱粮，大肆抢掠，终于逼起扬州城内的地方豪族不堪重负，暗暗组织乡民和团勇充当内应，联络城外的讨虏军一同攻城，在城内地方乡勇的配合下，于九月中旬攻克扬州城。
江总督怡良吞金自尽，刑部侍郎雷以諴和提督陈金绶城破时战死，总兵陈胜元和秦定三两人投降讨虏军。而江南提督和春趁乱化妆逃走，投奔已经逃至宝应城的托明阿。
随后，九月底，乙三师和乙六师以及投降的太平军将士，一路攻占高邮、宝应等城，一路北上准备围攻淮安府。
清妖派内阁学士胜保为统管黄淮军务的钦差大臣，会同汕东巡抚崇恩等地方官吏，督兵赶到淮安府的黄河边上的清河县，为了攻击讨虏军，清妖竟然不顾淮安的清江浦至板闸、杨家庙集和淮安府城这段运河沿线一带，聚集有近六十万人口，悍然决口黄河，水淹整个淮安府一带的水系。
幸好，运河与黄河相通，
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