世后，皇帝在第一座教堂之北又修建了仁慈堂(Theotokos Eleousa)，对外开放。1136年增建圣米迦勒小堂连接两座教堂，作为科穆宁王朝和巴列奥略王朝的皇家陵墓，约翰二世夫妇、约翰五世等多位皇帝、皇后安葬于此)。这座修道院由三座教堂组成，它被形容为中期拜占庭帝国在君士坦丁堡最重要最富影响力的建筑之一。一座配有五所病房的医院隶属于这座修道院，并向所有社会阶层的公众开放。这座医院里有许多不是修道士的专业平信徒医生在这里工作。这座修道院还成为了科穆宁王朝的皇家墓地。
针对保罗派与博格米派异端追随者激烈的迫害是阿列克修斯一世统治晚期的特色。尽管对异端分子的压制措施仍然生效，但没有记录提及到约翰的统治时期有这样的迫害行动。在君士坦丁堡召开的一次宗教会议中调查了在许多修道院中流传的一位名叫Constantine Chrysomallos的已故僧侣的作品。基于这些作品中包含了博格米派信条与仪式的元素，他们被君士坦丁堡宗主教Leo Styppes于1140年5月下令焚毁。
皇室家族中的一位成员阿德里安·科穆宁(约翰的叔叔伊萨克·科穆宁的儿子)被他的堂兄约翰二世委以重任。阿德里安成为了一位僧侣并陪同约翰参加了1138年的战役。当保加利亚作为一个自治教区需要一位德高望重的人作为主教时。阿德里安不久就被任命为保加利亚大主教。
军事功绩
尽管约翰二世曾获得过许多次战斗的胜利，但他的军事战略却是依靠占领并控制各居住点的防御工事来构筑稳固的边界防御。约翰二世统治时期大约组织了25场围攻战。
与威尼斯的冲突
约翰二世继位后，他就拒绝承认其父于1082年与威尼斯共和国签订的条约，该条约慷慨地给予了意大利城邦在拜占庭帝国内独特的贸易特权。然而政策的转变并非是缘于经济方面考量。正当拜占庭尤其依赖于威尼斯的海军援助时，一个涉及威尼斯人辱骂帝国皇室成员的事件导致了冲突的爆发。拜占庭报复性地进攻了科孚岛之后，约翰又流放了在君士坦丁堡的威尼斯商人。但这却得到了更进一步的反击，一支由七十二艘船组成的威尼斯舰队洗劫了罗德岛、希俄斯岛、萨姆斯岛、莱斯博斯岛并占领了爱奥尼亚海的凯法利尼亚岛。最终约翰被迫妥协;战争对他来说已成赔本买卖，并且他也不打算挪用陆军军费去为海军建造新舰只。约翰重新承认了1082年的条约。虽然如此，这次窘
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