责便由主持马政逐渐转变为主管辽东地方行政、监察及军事事务，苑马寺孳牧之政也开始走向荒废。
“苑马寺现在名义上说是监管金、复、盖三卫，但顶多也就是操练军余、修葺边墙城堡及抓捕逃军流民。”
李成梁认真回道，
“嘉靖十六年冯时雍改革后，连马都养不了几匹了，更别说在大事上说上话了。”
马匹、监苑和草场是苑马寺维系经营的最重要物资条件。
明初时，辽东马匹总量曾一度达到四十万匹，而到了嘉靖后期，苑马寺监苑之畜不盈数百。
苑马寺下辖监、苑大部分被裁革，由六监、二十四苑减少至一监、二苑，减少后的牧苑仅为原来健全时的十二分之一。
嘉靖十六年时，冯时雍对辽东苑马寺进行了改革，打破了苑马寺原不设定额的旧制，并且把明初规定的实行苑马军人进行官牧养殖的办法完全转变为余丁进行民养。
以当时的情况而言，这种责任到户、均摊赔补的措施是符合辽东苑马寺的实际情况的。
但是这种将官牧转变为民养的办法，从根本上来讲，就是把养马的劳务和负担全部转嫁到百姓身上。
从此苑马寺马匹牧养形式由集中管理转变为分散牧饲，原来军士放牧之荒地与军余佃种之熟地之间的界限完全被打破，草场使用不再受到苑马寺控制，官牧草场数额急剧减少。
历史上苑马寺完全颓败的节点是在天启元年。
当时明朝在辽东的军事重地沈阳、辽阳被后金攻破，位于辽河以东之地的苑马寺所属一监二苑及苑马寺卿所辖之地尽被后金占领，辽东苑马寺自此消失在明末辽东战场，辽东再无苑马寺孳牧之马。
“苑马寺受辽东巡抚节制，在边务上自是说不上甚么话。”
努尔哈齐道，
“可如今苑马寺马政衰颓，辽东军马之费均由太仆寺拨给，皇上此番清查太仆寺，便一定会涉及苑马寺。”
“辽东马匹倒损、草场锐减，尚可以推责于冯时雍改革，可其余诸地……”
李成梁接口道，
“官马民牧是祖制，其余诸地，总不能推责于太祖皇帝与成祖皇帝罢？”
辽东战马的供应问题与苑马寺的兴衰可谓是息息相关。
正德以后，辽东马匹时常求助于太仆寺下拨马匹或马价。
在嘉靖三十一年以前，明廷向辽东主要拨付的是马匹，即本色，并且给付的马价银也并无规定必须
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