第二步是：码头和营房建好后，立即组建三万以上的陆军和二万以上的水军，一边训练，一边开荒。淮西和和北方分会所属各基地，开始招收流民，，前三年可以先招收三至五万流民去开荒种地，
同时建立健全组织机构。成立万通商会山东分会，方腊任山东分会会长兼粱山兵马总管，朱武、杨智、方天杰、史文恭、阮小二任兵马副总，负责马步兵军训练，朱武参赞军务。阮小二任水军统领、阮小七任副统领。柴进、武松、吴用、胡金山、蒋敬任分会副会长。柴进主管卧虎山庄及对金、辽的贸易和战马的购买。武松、吴用、胡金山负责分会商业事务，蒋敬负责财务帐目。燕青、戴宗、萧让、李逵、皇甫详等留在沧州作柴进的助手。燕青带两百特训营士兵留在沧州听从柴进调遣。皇甫端到梁山任兽医营统领负责粱山的马匹和猪、牛疾病的治疗与防控，皇甫祥任副统领，负责沧州的战马及猪牛羊疾病的治疗与防控。白胜到特训营接受特训，准备执行秘密任务。
方腊走后，王寅负责江南行政事务，娄敏中负责特区事务。鲁达、方天俊从海外调到开封府作听用。赵重阳在沧州这里把所有消息发布完后，就开始让在沧州这里的各人立即展开行动。
二月中旬，赵重阳在仇琼虎率领的特训营护卫下回到开封府。第二日就送信给蔡京，二月十六日开封府尹张叔夜接吏部通知，到吏部任右侍郎，官升从三品。所缺府尹一职由同知赵重阳暂代，从此开封府的最高行政大权落入赵重阳手中。
代理开封府的府尹后，赵重阳将自己私养的捕快抽一部分在公职人员中，由甘雨明和林冲共同负责。而时迁、仇琼虎继续负责侦揖工作，同时从各地抽调身手好，人年轻，身体素质好的自卫队员到开封，将特训营的人数提升到两千。教练由丘道乙、时迁、仇琼虎三人轮流担任，林冲、赵重阳、庞秋霞、琼英、方百花有时也去帮着训练。
清明节快到了，第一代杂交水稻准备开始试种，从南京府赶过来的几十名男女家奴，在方百花和庞秋霞的率领下开始按赵重阳传援的方法开始种植杂交水稻，第一年，计划种植六十亩。同时，将去年培育杂交水稻种子的实验基地扩大三倍，继续培育新的杂交水稻种子……
成了代理府尹，赵重阳在京城的名声更响，也成了各个大佬和各方势力拉拢的对象。赵重再次得到提抜重用，大家都知道是再次走了蔡京的门路。但其它各方势力并不认为赵重阳就一定是蔡京那个集团里的人物。蔡京之所以帮赵重阳，一定是收赵重阳了足够的好
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