《庄子•田子方》：“古之真人，知者不得说，美人不得滥，盗人不得窃，伏戏、黄帝不得友。”在这两段中，伏羲在古帝中的排位，颇近于后世所列。
《庄子》一书之中，伏羲名号有三种写法，或记为“伏羲”、或记为“伏犠”、“伏戏”，前后不统一；身份混乱，或人或神；在古帝王中序列不定，或在禹、舜、黄帝之后，或在其前，地位渐次升高。这说明在庄子时期，伏羲尚在传说时期、创造过程中，是一个不确定的、尚未定型的人物。
《庄子》之后的典籍，如《管子》、《荀子》、《商君书》诸书所记伏羲，或为由《庄子》移入，或为秦汉所掺。《易•系辞》托名孔子所作，其实大部分为秦汉间人所撰。《系辞下》记载伏羲功业最著：“古者包牺氏之王天下也，仰则观象于天，俯则观法于地。观鸟兽之文与地之宜，近取诸身，远取诸物，于是始作八卦，以通神明之德，以类万物之情。作结绳而为网罟，以佃以渔，盖取诸离。包牺氏没，神农氏作，……神农氏没，黄帝尧舜氏作，通其变，使民不倦，神而化之，使民宜之。”这段话影响甚大，但叙述伏羲功业如此全面系统，当出于秦汉年间，不会早于《庄子》。
《史记》从黄帝记起，不为伏羲作传，所记伏羲有两处，均系引前人所言。《太史公自序》：“余闻之先人曰：‘伏羲至纯厚，作《易》八卦’。”《封禅书》中借管仲言：“昔无怀氏封泰山，禅云云；虑羲封泰山，禅云云；神农封泰山，禅云云；黄帝封泰山，禅云云。”司马迁治史严谨，由于当时对伏羲传说语多谶误，难以辨识，虽不否认，但记之存疑。
东汉班固《汉书》突破《史记》的界限，将上古帝王从黄帝推至伏羲，至此，伏羲开始登上官定正史。《汉书•律历志》引刘歆《世经》言：“庖牺继天而王，为百王先。首德始于木，故帝为太昊。”（详见下析）《汉书•古今人表》中首叙伏羲，次列炎、黄，以伏羲为历史源头，认为伏羲氏“继天而王”，因而他是百王之先，而炎、黄诸帝继伏羲而王。《白虎通义》言：“三皇者何谓也，伏羲、女娲、神农是也。”把伏羲推到三皇之首、百王之先的地位。
晋代皇甫谧所著《帝王世纪》，是一部专述帝王世系、年代及事迹的史书，所叙上起三皇，下迄汉魏。三皇首列伏羲，言伏羲功业：“继天而王”、“作八卦”、“造书契”、“作瑟三十六弦”、“制嫁娶之礼”、“取牺牲以供庖厨”等。我们注意到，皇甫谧说：“女娲氏…
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