是权势滔天，但也因为年幼，细川政元受到家族长老细川政国的辅佐。文明六年（1474年），细川、山名两家在将军足利义尚的调解下议和，“应仁之乱”结束。虽然表面上双方打成了平手，而实际上则是细川家获胜。
文明十年（1478年），细川政元被足利家族任命为管领，但不久后辞职。1489年将军足利义尚在讨伐南近江半国守护六角高赖时病死，足利家族由于无子，于是细川政元推举关东堀越公方足利政知之子禅僧香严院清晃（后来的足利义澄）为幕府将军，但在大奥国实权掌握者日野富子（八代将军足利义政正室）和与细川政元交替任管领的畠山政长支持下，足利义视之子足利义材就任室町幕府第十代将军。细川政元对这一结果不满，开始与足利氏幕府拉开距离。
足利义材就任将军后，足利义视和畠山政长的权势大涨，而当初支持足利义视父子的大奥国实权掌握者日野富子被边缘化，日野富子也开始日渐不满，与足利义视渐行渐远。延德3年（1491年）足利义视去世后，畠山政长垄断了幕府的权力。自此开始细川家族与足利氏间隙越来越大，无法弥补，细川政元开始谋划颠覆足利家族。
细川政元首先考虑联合越后国，先是拜访了越后国守护上杉房定，与上杉房定敲定合作事宜后。细川政元原本还想去奥州国，但因为足利义材讨伐六角高赖而放弃。明应二年（1493年），幕府将军足利义材出兵河内国，支持畠山政长讨伐畠山义丰，细川政元趁机联合日野富子、伊势贞宗率军攻入京都，拥立原将军候选人足利义澄为室町幕府第十一代将军，史称“明应之变”。
政变刚开始时属于畠山政长的赤松政则也投向细川政元，孤立无援的畠山政长自杀身亡，拥有巨大权力的畠山家族势力被大大削弱。足利义材也被抓，被幽闭在京都龙安寺。明应三年（1494年），足利义澄还俗，正式就任幕府将军，细川政元就任管领。但足利义澄只是傀儡，实权都握在管领细川政元手中。废立幕府将军在室町幕府中是首次，这之后的足利将军几乎都是毫无实权，徒有虚名。
足利义材在幽禁期间，得知自己将被流放到小豆岛，于是在旁人的帮助下逃离京都，到达畠山政长的领国越中国的放生津，并受到了畠山政长家臣神保长诚的保护，在该地区竖立幕府，称为越中公方，此时足利义材仅仅只是没有实力的亡命者。
明应八年（1499年），足利义材在纪伊、河内、越中守护畠山尚顺（畠山政长之子）的支持下率北陆之兵侵攻
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