1641年7月5日，呂宋，马尼拉城。
郑芝龙所属的水师舰船，除了二十几艘中小型制的战船继续封锁马尼拉港口外，其余一百余艘大中小船只均已返回台湾和泉州，以减少往来补给的困难。
三个月前，郑军水师大部，在汉洲三艘战船的引领下，径直朝林加延湾东北侧的圣费尔南多小镇驶去。
待船队赶到小镇附近海岸时，果然堵住了躲藏在此处的西班牙战船。郑军水师先是放出十几艘纵火船，大船尽堵住码头外侧，以火炮、火箭远程攻击试图外逃的西班牙战船，众多小船蜂拥抵近，靠帮夺船。经过一番激战，郑军水师烧毁西班牙人两艘战船，击伤并俘获两艘，但有一艘竟然冲破重围，带伤逃往外海，最后躲到蚝镜（今澳门），托庇于葡萄牙人的保护之下。
歼灭了西班牙人的人海上力量，郑军上下均是松了一口气，如此，苟延残喘在马尼拉的西班牙人最终覆灭，已经为时不远了。
4月15日，经过十余天的挖掘，郑军陆师通过掘进的坑道，顺利抵近马尼拉港口区。在驱使数百抓来的土人在前充当炮灰，郑军火枪兵在其后与西班牙展开排枪对射，两千余冷兵器部队架着木梯四下围攻，当日即破港区外围所有护墙工事。
两日后，郑军再次继续驱赶数百土人不间断地冲击港区几座小型堡垒，在付出三百余人的代价下，艰难攻克所有堡垒。码头炮台的西班牙人自感难以坚守，将所有火炮毁坏后，迅速逃入马尼拉城。
由此，郑军彻底控制了马尼拉所有外围要点，形成对西班牙人的四面围困。随后，郑军在马尼拉四野抓获了大量的土人，逼迫他们从外围向马尼拉外城不断地掘进坑道，逐步逼近城墙。
马尼拉城的西班牙守军见状，大为惊恐，日夜驻守在城墙上，不断地用火炮轰击挖掘坑道的土人，试图恐吓他们四散奔逃。但土人在郑军的严密监视下，不得不冒着城头的炮火，亡命地挖掘坑道。好在，土人在被轰击了数天后，稍稍变得机灵了一些，将坑道挖掘的又深又窄，使得城头的火炮很难击中他们。
在消耗了数百土人的的情况下，郑军挖掘的坑道蜿蜒曲折地挖通了马尼拉外城的壕沟，直接抵达城墙附近。随即，郑军陆师主帅陈晖发动了一次大规模的附蚁攻城，但被顽强的西班牙人击退，未能完成破城。
陈晖对此毫不气馁，不断组织小股军队轮番骚扰西班牙守军，试图以自己的人数优势，不断的疲惫城内的敌军。最终，在半月后的一个夜晚，以夜袭的方式，
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