丘比，肆意蹂躏，肆意玩弄，丘比却只能眼睁睁地看着，什么都做不了。
被改写之后的世界，麻美和杏子回归原本的生活，沙耶香和百江渚则因为无法回归圆环之理，再度以人类的身份在世间生存，不过所有人的相关记忆，几乎都被清除了。
教室里面。
小圆以转学生的身份进入原先的班级，给她的设定是：因为母亲去国外出差，一家人一起在那里生活了三年，直到上周才回到见泷原。
课间，晓美焰带小圆参观学校，两人有过一段对话：
“时隔许久回到故乡，感觉如何？”
“感觉有些怀念，但又感觉有些不一样，有些怪怪的。”
“这也难免，都过三年了。”
“不，我又感觉没什么不一样，倒不如说，我感觉变了的不是这里，而是我...对，我应该有着别的姿态，其他的使命，而我却...为什么？”
在小圆自我怀疑着的时候，她的眼睛变成金色，差点又要想起作为圆神的记忆，后面是晓美焰一把将她抱住，才让她停止怀疑，恢复正常。
“没事的，毫无疑问，你还是真正的你。”
晓美焰在小圆耳边说了一句，很快又问道：“鹿目圆，你觉得这个世界珍贵吗？比起欲望，你更重视秩序吗？”
“这...那个...那是...”
小圆支吾着，好一会儿才回答道：“我...我觉得是珍贵的，我们还是不能擅自破坏规则的吧？”
“是吗？”
晓美焰收回手，“那说不定，你以后会成为我的敌人，但是没关系，即使这样，我还是祈祷世界能让你幸福。”
她将自己头上的发带解下来，往小圆头发上系，系好之后，看着小圆，眼角含泪道：“果然还是你更合适。”
城市百态一一展现，大家看起来似乎都过得十分幸福。
某个半月之夜。
晓美焰坐在悬崖边的椅子上。
不远处的草丛，有什么东西动了一下，显露出丘比的身影。
晓美焰瞥了一眼，起身，跳舞似地转了几个圈，然后从悬崖上一跃而下，留下满身疮痍，下场十分凄惨的丘比在地上瑟瑟发抖。
故事落幕，放映厅内的灯光亮起。
大荧幕前的志贺贵也忍不住长出一口气。
前面就很精彩，没想到最后还有神展开，不愧是动不动就有神展开的《魔法少女小圆》的剧场版。
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