于兵部；光禄寺负责寿宴、进贡等，隶属于礼部；鸿胪寺负责朝会、宾客（外吏朝觐，诸蕃入贡）、吉凶仪礼。
内阁
洪武十三年诛丞相胡惟庸，罢中书省，废丞相等官。在废除丞相后，朱元璋亲理政务，一度深感疲惫，于是设立四辅官来辅佐政事。但这项制度效能不彰。洪武十五年七月被废。十一月，仿宋制，置华盖殿（世宗时改为中极殿）、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，又置文华殿大学士，以辅导太子，明仁宗增置谨身殿（世宗时改为建极殿）大学士。明初，内阁无实权。之后内阁地位逐渐升高，权限逐渐增大，到明世宗时，内阁终跃至六部之上。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。自此，内阁成了中央最高决策机构。
厂卫机构
明朝主要的情报机构包括锦衣卫、东厂和西厂，武宗时期还一度设有内行厂。锦衣卫设立于洪武十五年，负责侦查国内外情报，直接对皇上负责，拥有可以逮捕任何人，并进行秘密审讯的权利。在东厂设立后，锦衣卫权力受到削弱。
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