因为人民党军事委员会已经在很大程度上代替了蒋百里的总参议职责，没有了张作霖头号参谋的这个头衔，蒋百里光靠一个已经被总装备部取代很大职权的国防科工委主任的职务难免让他几乎被架空。
几方人马云集华东后，没有一个得力的人镇住局面是不行的。蒋百里的职务、级别和威望足够，张氏父子都属意他。而人民军的军事战略已经基本成型，所以一心想学有所用的蒋百里被临时调岗，来一次理论联系实践。
南京本来是易守难攻之地，但当苏锡常相继失守后，惟恐“黯然金陵城下”的齐燮元还是决定放弃这座东南重镇，趁着沪宁线还没被控制之前逃离。
在随后一路狂奔至上海后，这位“斜眼司令”又觉得上海也不安全。不得已，他逃到了日租界，后来又逃往日本。
捷报传来，张汉卿“诗”兴大发，于当赋诗一首，题目即是《七律﹒人民军占领南京》：
钟山风雨起苍黄，百万雄师过大江。
虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而慷。
宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。
天若有情天亦老，人间正道是沧桑。
这一仗打得是痛快，但也发生了很不好的情况，那就是齐燮元的败兵溃退后，在南京造成了暴力排外事件，险些造成中外冲突。11月25日晚，未过江的部分齐军溃兵在南京城内进行抢劫活动，但除两名正在街上行走的外国人及两座已撤空的外侨住宅外，齐军并未袭击其它外国目标。
人民军先头部队开入南京城，沿途鸣枪搜索，并向驻南京的各国领事馆询问有无战犯藏匿其中。得到否定答复后，这些部队即平静离开外国领事馆。
但次日从上午8时许起，南京城内突然爆发大规模的抢劫外国人的排外风潮，一直持续到下午5时。南京城内和下关的外国领事馆、教堂、学校、商社、医院、外侨住宅均遭到侵犯和洗劫。不久后，这一浪潮转移到上海。
新生的奉军政权还需要得到列强的承认，节节胜利的人民军不允许节外生枝。在获悉暴乱发生，张汉卿即下令渡江各军立即担负维护地方治安之责，对顽固不冥者从重从快处理：
“在此关键时期，悉得军管。若有乘机扰乱社会治安、危害百姓生命及生存之举动，及妨碍各国友人之正常生活之行为，即以当场枪决，勿得置疑！”
对齐燮元之第六师，人民军也作了大量宣传，要求各级“反正”军官务须约束手下，平安度过此一时期，戴罪立功
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