临时扩建新牢的命令在蓟镇之乱刚刚开始后不久，萧轩所率领的亲军还没有回到御马监营地的时候就已经下出去了。在清洗边军各营屯之初萧轩就已经预料到，这一次要被关进大牢的武官没有一千恐怕也会有四五百人之多，如果加上以后可能牵扯到的人，接近一千上下是很有可能的。
明代在以前的时候并不是没有兴过大狱，不论是狱神庙刑部大牢还是北镇抚司的锦衣卫诏狱，都有比较完善的监牢体系。腾出千人的地方也完全不是问题。然而此时的萧轩在经过权衡之后，对北镇抚司的锦衣卫也并没有完全的信任。因为那种根深蒂固人数也不少的地方，安插个什么外面人势力的自己人或者买通个什么人的事情并不是没有可能发生。“左忠毅公逸事”不就是个例子？
能够让萧轩信任的地方，恐怕还只有御马监这些日子以来新建立的“秘狱”，秘狱的位置就在近卫军大营之中，整个近卫军大营在理论上都相当于狱卒。在秘狱内关押更多的人萧轩本来也是有过考虑的，可是一次看押上千人，其中还有不少要犯，这就超过秘狱的容纳空间了。毕竟如果在方圆百步左右的营区之内，监牢的面积如果太大，肯定会影响队伍日常训练与布防。
因此最终决定将最下层的军官暂时关押在北镇抚司诏狱，而千总及以上军官，还有俘虏的那七名还算完好的关外精锐俘虏一共百余人押如秘狱。
秘狱的一个好处是在建设之处就考虑到了为了防止“串供”，还有在需要的时候需要某些犯人“私下沟通”的需求，整个监牢并不只有一处，而是一共有五处主牢，有诸多密道构成的“小秘牢”
在萧轩等人率领队伍刚刚回来的时候，那些很可能很硬的关外精锐俘虏暂时还在养伤解毒恢复的过程中，暂时没有动。讯问的重点则放在了以王威为首的千总以上蓟镇武官上。
所谓“软硬兼施”当然是软在前硬在后。一开始的询问，在萧轩的特意安排之下也尽量让“讯问”看起来不想是“讯问”，没有人纪录。而且也不是在特定给人以刑讯室暗示的地方，更多是利用御马监旧有的一些客厅。问话也以找一些能演善谈之士的“闲聊”为主。萧轩印象中这也是**德国套取西线盟军俘虏的手段之一。在对方有对抗打算的情况下，首先解除对方的敌意才是第一位的。通过一些与事情无关的闲聊来首先看看这些人的应对话语有什么特别的异样。如果显得与其他大多数人不同，不管是怎样不同，那就可以划定重点了。
针对这些重点人群，再以刑讯威慑的办法进行
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