眼见自己人惨死在刀斧之下，片刻之间连尸体都被分食一空，朱清胆寒压过了心中的愤怒。幸得多年海盗生涯练就的强悍心理，才没有让其当地崩溃。冷静分析之后，他决定撤退。出发时他带了五十人，在路途中病死了四人。剩下的四十六人中，还有十一人身患疾病，扣除照料人员之后，能投入战斗的只有不过三十人。这点人手即便有火器护身，也绝对不是参加血祭的数千阿兹特克人的对手。
经过长途跋涉之后，朱清一行回到了新蜀州。在路途中，随行人员又病死了六人。新大陆的地峡气侯与流求相似，朱清一行虽做了应对疫病的准备，但登陆半年以来仍然病死了近五十人。疾病已超过恶劣海况、食人部落和野兽，成为探险队员死亡最主要的原因。实际上，朱清一登陆，就花了大力气挖排水沟、建公厕，用白石灰刷墙刷屋，还清理垃圾、烧开水喝，为每个队员配毛巾......。这些在流求通过验证的措施，能有效减少疾病的发生和死亡率。
疾病造成如此之高的死亡人数，原因既在于水土不服，也因为新大陆地峡的恶劣环境。海上长途航行使探险队员身体虚弱不堪，繁重的劳动又进一步加剧了这种情况，使得潜伏在身体内的病原体开始爆发，让体弱者纷纷病倒。新蜀州城一带气侯多变，时常是骄阳日晒和倾盆豪雨交替，加之遍布泥沼，孽生着大量的传播疫病的昆虫蚊蝇。虽然有随行医生的救治，仍有不少探险队员仍死于疾病之下。
探险队刚登陆时，新蜀州周边土著各部落对这些陌生外来者，部分报以敌视，部分态度友善，大部分则是怀着好奇心理。其中少数友善部落笃定，这些乘着漂浮房子的外来者，是其部落传说中的神。于是他们贡奉了大量的粮食和金银，还帮助探险队搭建房屋，让朱清一行渡过了最困难的时刻。大批土著劳动力的到来，让新蜀州的建设进度加快了不少，但也带来了麻烦。少数队员由于生活不检点等原因，在饥渴难捱之下，与当地土著妇女进行了深入浅出的交流。有的人在此过程中，患上了新大陆特有的性病。这种性病被随行的队医根据其特点和传播方式，恰如其分地命名为“花柳病”。
如果说本地疾病给探险队员造成的只是困扰的话，那么外来疾病则给土著部落造成了致命的打击。就在探险队登陆时，疫病已经横行肆虐于周边，使得各个土著部落人员纷纷病倒，有的部落人口甚至十不存一。这使得不少土著部落对朱清一行报以敌意，认为是他们带来了恶魔。疫病横行也让阿兹特克人也不敢轻易前来地峡，抓取俘虏和征收贡奉
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