幕僚总长和情报总长两个职位，前者主要是负责日常事务的处理，后者则是收集情报信息，以供总统决策。
政府的主要职责是发展经济与社会事务，包括农业、工业、商业、教育、科技、卫生等职责，事务十分繁重，负责人为总理。军队分为陆军、海军，不受政府管辖而直接听命于总统，日常管理机构负责人为总参谋长。军方的重大事务及作战、调动等军事行动，需要总统批准或者授权。议会则由各省、各部落推选出德高望重之人作为议员，他们的职责除了立法和司法之外，还负责监督和弹骇包括军官在内的官员，手握生杀予夺的权柄，负责人为议长。这三个机构在总统的领导下，各司其责又密切配合。
在治理机制的另一个方面则是海外建省。眼下霹雳军已在新大陆站稳脚跟，新蜀州所在的地峡已有五千移民和二十余万归化的土著。新大陆的土著也是黑发黑眼黄皮肤，从外貌上看与汉人并无差异，唯有语言不通，服饰和文化不同。在朱清的不断探索下，霹雳军在地峡北方野牛大陆和南方羊驼大陆的西海岸，分别有了十几个小型据点，共有移民三千余人，归化土著六万余人。为促进对新大陆的开发，会议决定建立地峡省，都督由余福担任。
如果按照财力贡献来看，地峡省提供的财税甚至比最富饶的西川省还多。船队源源不断地从新大陆运来金、银，数量之多令人乍舌。除了这两样贵金属之外，船队还运回了大量的动物皮毛和硝石以及珍稀特产。按照余柱的想法，要加速新大陆的发展，应分别在野牛大陆和羊驼大陆各建立一个省，但被欧阳轩否决了。在他看为，建省必然需要投入大量的资源，必然会挤压其他投入。抗蒙仍是霹雳军最重要的任务，要首先保证其资源投入。新大陆当前的任务是为抗蒙事业提供资金，其次才是发展。
政治方面的第二个议题是进行官员任命和轮换。霹雳军地域广大，各地情况殊有不同，为了防止地方势力滋长和山头派系，需要建立流官制度。按照欧阳轩的提议，余柱调任政府总理，李爽则出任议长一职。总理一职事务繁重极为辛苦，李爽整日忙得焦头乱额。在高强度工作下，其健康状况每况愈下，加之身体又有残疾，实在不堪重负，为此他私下里多次向欧阳轩提出要另举贤能。议会的重要职责之一是监督官员，议长一职倒是十分适合李爽嫉恶如仇的性格。
余柱主政流求，积累了丰富政务经验，加之流求已成为海上贸易中心，物流资讯极为发达，使得其眼界、格局和视野都颇为高远。当前流求不仅有本岛，还管辖着小流
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