东海、南海三支近海舰队和西洋、新大陆西岸、新大陆东岸三支远洋舰队。北海舰队驻地为济州岛，活动海域为北方汉地、高丽、倭国周边海域及北方的白海；东海舰队驻地为流求，活动海域为舟山以南至琼州海域；南海舰队驻地为星岛，活动海域为整个南洋地区；西洋舰队的驻地为锡兰，其活动区域包括天竺、波斯、大食及更西方的海域；新大陆西岸舰队驻地在新蜀州，活动区域为野牛大陆和羊驼大陆西海岸；新大陆东岸舰队驻地在地峡东部，距离地峡西部的新蜀州的陆上直线距离约两百里地。欧阳轩知道，当下根本没有能力开凿连通太平洋与大西洋的地峡运河，而舰队要从太平洋到达大西洋，必须要绕过羊驼大陆南端，不仅路程有万里之遥，且风急浪恶。要到达大西洋并探索新大陆东岸，最便捷的方法便是地峡东部修建城市、港口、造船厂，并新建一支舰队。
海军建设最主要的投入便是建造战舰。当下霹雳军战舰种类多，型号繁杂，结构也不相同，这不仅给战术阵形带来不便，也给维修、保养和补给都带来诸多麻烦。按照总参谋部会同流求都督府制定的《海军发展纲要》，每支舰队应有各型战舰和运输船及辅助船只。战舰分为火炮战船、爆破船、火战船等舰只，运输船则有粮食补给船、淡水补给船、弹药补给船、运兵船、运马船。辅助船只则有侦察船、工程船、医疗船、通讯船、维修船....
火炮战船是舰队的核心战力。流求的造船厂在充分吸取大食、波斯和天竺战船优点的基础之下，研制出了大中小三种新型主力战舰，分别命名为崇庆府级、邛州级、大邑级的火炮战舰。崇庆府级战舰排水量八百吨，装备火炮六十门，配备水兵四百人；邛州级排水量六百吨，装备火炮四十门，配备水兵三百人；大邑级排水量四百吨装备火炮二十门，配备水兵二百人。按照《纲要》的造舰计划，每支舰队将装备五艘崇庆府级、二十艘邛州级和四十艘大邑级火炮战船。除了这六十五艘主力战舰外，舰队还将配套运输船和辅助船只。
水兵素质决定着舰队的战力。霹雳军光复巴蜀之后，水军的作用便大幅度下降。沿海制置司侵犯流求失败之后，临安朝廷被迫对霹雳军开放了长江航道。为了节省军费开支，也是为了临安表明无顺水而下之意，霹雳军将巴蜀的四个水军团裁撤了三个，仅保留了战力最强的原第三师水军团。裁撤的上千艘船只在拆除火炮后，转为民用。四千五百名水兵除少数老弱外留在巴蜀之后，其余尽皆乘坐商船，分批前往流求，加入了海军序列。这些久经战阵的水手虽然没有大海
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