掌控了全局，当他们把那些投诚的帕杰罗军事人员纳入麾下的时候，帕杰罗科学家们知道反攻的时刻到了，他们经过上次的教训，早已放弃了和军事派妥协的想法，于是一场更加残忍的攻击开始了。
一队队帕杰罗军人被派出去执行任务，他们的命令只有一个，就是把军事派首领的脑袋带回来。没错，科学家总是理性的，他们不认为活着的军事派首领有任何价值，反而会产生不必要的麻烦。科学家们可以在簇拥者的保护下幸存下来，并且发动绝世大反攻，那么军事派的首领也可以这样做，所以最好的做法就是斩草除根。
于是，一场大屠杀产生了，屠杀的对象除了帕杰罗军事派的首领，还有那些军事派的附庸，并且随着时间的推移，屠杀的规模越来越大，很多和帕杰罗军事派有稍许关联的人也上了屠杀名单。
一时间，整个帕杰罗星都淹没在鲜血中，连空气中都弥漫着血腥的味道。
终于，当最后一个与帕杰罗军事派有关系的帕杰罗人的脑袋坠入河水中后，这场大屠杀才算落下帷幕，从此之后帕杰罗科学院正式掌控整个帕杰罗文明。
科学院进行了内部选举，十位在战争中有卓越贡献的科学家被选举为元老科学家，他们被赋予大科学家的名号。
当然，帕杰罗科学院的大科学家们也没有忘记那两万名逃走的科学家，对于大科学家们来说，那两万人是他们的同类。而对于同类，帕杰罗科学家们总是照料得很好。
于是，帕杰罗科学院的大科学家们开始展开一个名为寻找者的项目，他们根据初始号在发射时，留下的些许资料，开始寻找初始号的踪迹。但是由于已经过了近百年，大部分痕迹已经消失，所以帕杰罗科学院并没有得到任何有效的信息。还是等到帕杰罗文明发展到三级文明的顶峰，才从宇宙背景回馈中发现了端倪，起始号在宇宙中消失的位置，是一片空旷的星域。
帕杰罗科学院经过仔细计算，得出了一个不可思议的结果，那就是起始号前一秒还喷发着橙色的火焰在宇宙中恬静的航行，下一秒就突然消失在这个宇宙中，就像是被一只无形的大手用橡皮擦掉了一样。这完全违背了帕杰罗科学院对科学的认知，因为在大科学家们看来，这个宇宙是有规则的，任何事物，任何事件都会遵循规则。如果一件事情莫名其妙的发生，那么它的背后必然有着不为人知的规则。
于是，帕杰罗科学院派遣出上千艘勘察飞船对那片星域进行了全方位勘探，他们动用了所有能想象到的仪器，甚至还派出了两
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