他们知道之后，群情汹涌，朝野哗然
。
得皇帝密令悄悄主持和议的兵部尚书陈新甲顿时成了众矢之的，崇祯皇帝为了保全自己的面子和尊严，矢口否认和谈一事，并下令逮捕陈新甲。
九月二十二日，陈新甲被斩首于西市。
和谈无望，为了报复，皇太极决定报复明朝。
去年十月，皇太极任命多罗余饶贝勒阿巴泰为奉命大将军，于内大臣图尔格率满、蒙八旗和各汉军入侵明朝。
这一回，明朝已经无兵可用，甚至连象样的抵抗也没有。
清兵在京畿和山东如入无人之境，先后攻陷兖州、顺德、河间三府，以及十八州、六十七县，共八十八城，降一州五县功绩六城。鲁王、乐陵、阳信、东原、安丘、滋阳诸王遇难，府州县官死难者十余人。被俘人口三十六万余，牲口三十二万口，被缴黄金一万两、白银计两百万两。
就在孙元从开封撤兵回凤阳休整的时候，清兵主力还在河北、.cc[棉花糖]
孙元甚至还动过是不是带兵过黄河和建奴作战的心思，可他很快就打消了这个念头。
一来，部队还要在开封赈济百姓，修筑河堤坝；二是，周围都是泽国，根本就没有后勤可言，只要部队一过黄河，走不了两天就会饿得走不动。至于以兵就食，河北全是建奴，地方已染残破，根本就得不到任何补充；第三，他和马士英这次出兵，可以说将整个南京的兵力都等抽调一空。如今，南京已经空虚。南京乃是大明朝的财赋重地，若这里有个三长两短，那才是彻底没希望了。
之所以退兵凤阳，最重要的原因是张献忠来安徽了。
就在李自成正忙着攻击略襄阳，准备建立政权的时候，张献忠已经在安徽潜山天堂寨山区扎下根来了。并乘孙元和马士英北上讨伐刘超，将南京地区的部队和粮秣抽调尽数带走的时机，跃跃欲试，有东犯的架势。
南京大震，兵部急令庐州总兵黄得功和寿州的总兵官刘良佐率兵攻打潜山地区。
这两支部队根本就没有任何战斗力，如何是张献忠的对手，一开始很吃了些败仗
。不过，张献盅手下的革左五营见李自成在河南干得不错，前途一片光明，竟率部离开八大王投奔李自成去了。
革左五营的离去让张献忠措手不及，实力受损很大。于是，在安徽西南部战场采取了守势，和黄得功、刘良佐对峙。
马士英和孙元这次回师，主要任务是参加安徽西南战
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