在崇祯九年离开离开天津卫码头后，方以智和郑芝凤率领的船队，在雇请的葡萄牙船长和水手的驾驶下，掉头南下，并于二十天后驶入了中国南海，沿着当年郑和下西洋的路线一路向西行驶。
由十艘大船组成的船队航行近两个月后，穿过了马六甲海峡，驶入了浩瀚无边的印度洋。
在经过了这两个多月的船上生活后，船队中四百名锦衣校尉以及数百名皇庄收留的孤儿，还有几十名负责照料这些孩童的太监，从最开始满是兴奋和激动的心情，到现在的后悔和想家，大部分人的情绪已是完全翻转了过来。
船队在大明沿海航行时，由于风浪较小，这近千人的队伍中只有少数出现了晕船的现象，其余的大部分人并没有什么太大的反应，后来在泉州港补充过物质后，方以智还让众人上岸休息过一个时辰，大伙儿的心气还是很足的，都对未知的世界充满好新鲜和好奇。
但是在进入南海之后，风云突变，在经历过一次风暴洗礼之后，虽然船队安然无恙，但八成的人已是呕吐的站立不住了，很多人内心的恐惧感也开始加大。
好在自那之后的航程还算安稳，没有再遭遇到太大的风浪，晕船的人很快便恢复了正常，原本的担心和害怕也在逐渐消失。
进入印度洋之后，壮丽无比的大洋景色再次让人们重燃斗志，看到碧蓝如洗的天空下，一望无际的蓝色海水，水面上不时跃起的各种不知名的鱼类，不管是锦衣校尉还是那些孩童们都是雀跃不已。
在葡萄牙船长请示过方以智和郑芝凤后，船队在马尼拉港再次停靠休整，并补充后续的淡水以及其他生活物资。
马尼拉港的西班牙人对这只大明船队的到来表现出了深深的敌意，也就是在看到船队悬挂的郑家认旗后，才勉强同意船队暂时停泊修整，随后总督府便派来武装士兵监视着船队，并禁止无关人等上岸休息，郑芝凤一怒之下本待下船与其理论，但被方以智给制止住了。
方以智的理由很简单，他们此行的目的不是来和别人干架的，到达欧洲，并把圣上交代的差事完成才是最紧要的，至于西班牙人的这种无理举动，等回返后上禀即可，相信圣上和朝廷自有论处。
在花费了比别人更高的价格补充完给养后，船队只在马尼拉港驻留了四个时辰便拔锚起航，再次驶入了广袤无垠的印度洋。
遵从朱由检的旨意，除了正常的靠岸补给外，方以智和郑芝凤并未在沿途的小国多做停留，没有像当年的三宝太监一样到处宣扬大明的
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