十二月二十六日，屯齐率领着清军的前锋人马攻破了南京的外围城墙，在南京城外东南的大校场驻扎，就在同一天，正红旗满洲固山额真韩岱也率军驻扎在南京西南的南湖边。而商家军的外线人马也己经进入了预先约定好的位置，正在寻找战机。
二十七日，阿济格亲率大军，来到南京城里，驻军在城南的聚宝山边，这时淸军己在南京城外，聚集了十二万左右人马，基本都驻扎在南方，因为南京城太大了，十多万人马根本就不能围住，也就只能堵住南京一面。而就在当天，淸军向南京城动了第一次试探性的进攻，主攻的方向是聚宝门。
虽然商毅已经做好了和清军打巷战的准备，但这并不表示就会放弃防守南京的城墙，因为南京城拥有十分完善的城防设施，还有外秦淮河作护城河，清军想要直接攻打南京城，必须要先强渡外秦淮河才行，有这么好的条件，如果不加以利用，先给淸军造成沉重的打击，那可就未免太浪费了，退守南京城內，是在实在守不住城墙的情况下的选择。
而且这时商家军也已在外秦淮河边布置下了防守阵地，以秦淮河为屏障，抵挡清军的进攻。秦淮河虽然不算大河，但在商家军严密火力的防守下，想要突破也不是那么容易，而且商家军的水军还封锁了秦淮河的长江入口，使清军的水师无法通过长江来支援进攻，只能靠在秦淮河边临时征集的一百多条小船强渡秦淮河，其中有不少船只能装下十余名士兵，还有十几艘甚致还是花舫。
虽然商家军这次带来的重炮不多，但打这样的小船还是绰绰有余，因此炮声隆隆，打得秦淮河面上水柱四起，波浪翻滚，清军的船只被一艘一艘的击沉，清兵们一个个的落水身亡，跟本就无法攻到对岸去。在商家军的打击下，阿济格很就明白，强攻是没有用的，因此很就退兵罢战。
而这一次南京城中的百姓、官员们总算是亲身体验了一次兵临城下的紧张气氛，虽然还没有清军攻进南京城里，但在城外巨大的爆炸声，依然可以听得十分清楚。不过并没有多久的时间，爆炸声就平静了下来，而南京城中也意识到商家军又一次打退了清军的进攻，因此也是一阵的欢腾。商家军的声望，也再一次被推向高峰。
不过在随后的三天时间里，清军都按兵不动，并没再向南京城动进攻。仅仅只是在江面上向商家军的海军动了一次试探性的进攻，但在海军的重炮打击下，被击沉了十余船之后，也立刻就撤退了。而南京城中也恢复了不少生气，因为百姓们对商家军的信心都大大增强了。
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