简单的“整编纲要”后，李岩四人便在殿内提出了各自的一些看法和意见。
补充完善后，才依照“纲要”及各自的军旅经验商量出了一套合理可行的整编方案。
最后又问过李定国三人的意见，三人表示基本没问题，才算将这套整编方案确定下来。
···
根据“纲要”与“方案”，这次整编不止是针对归降的三十二万大西军，还包括成都原来的近八万兵马。
为了配合这次军队的大整编，监国府下军务处增设了募兵司、军训司。
募兵司专门从各地招募、选拔兵员。
军训司则下辖三大营，依次为集训营、整训营、进修营。
集训营专门负责训练募兵司招募到的新兵。
整训营则专门负责对降兵及以前大明的旧兵进行整训。
进修营则是中低级将官进修、学习的地方。
士卒如果想要被提拔为低级将官，也会先到这里进修，或者是事后补充进修。
在郝光明、朱媺娖的设想中，进修营是军校的雏形，以后会从军训司独立出来，并由朱媺娖亲自担任校长。
这次大整编，合格且愿意继续当兵的兵员，都会送入整训营，进行整编和短期训练。
中低级将官（千总及以下将官）也会被送入进修营学习。
从游击这一级别开始，各个将领麾下的兵员及其将官都将由军务处调配。
另外，整编后的军队会禁止家丁的出现，但将领可以从军中拨选一定数量的劲卒为亲兵。
由此进一步杜绝兵为将有的情况。
最后，还会通过这次整编，正式在募营兵中划分出普通士兵的级别，从下往上依次分为辅兵、正兵、劲卒。
确定以上制度后，才进行军队的架构与整编。
根据《第二次军队整编纲要》的指导，监国府下辖军队将分为御林军、禁卫军、边防军、卫戍军、工屯军五大体系。
其中，御林军属于朱媺娖的亲军，是以护卫朱媺娖为宗旨，且直接受朱媺娖统帅。
该军暂定有四营，具体规划如下——
朱雀营，全由女兵组成，额定兵员五百。
骁骑营，由精骑组成，额定骑兵两千，辅兵两千。
虎贲营，由足够高壮的精兵组成，装备最精良的盔甲及冷兵器。额定正兵三千，辅兵三千。
神机营，由火枪兵与炮兵组成，正兵五千，辅兵五
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