在就藩瀛洲的藩王们挑选领地时，朱媺娖则在召开军务院、内阁联合会议，商讨朝廷开辟瀛洲的政策。
最初，有人提议彷照之前对马六甲的安排，设置都督府，以军事为主，兼顾民生。
但仔细讨论之后，被否决了。
因为瀛洲的情况与马六甲并不相同。
马六甲当初虽然是海外飞地，但其地处东西方海上交通要道，位置十分重要，且商贸繁荣，当地土民也已开化。
如今朝廷更是准备将其纳入南海省，取消都督府，改置府县。
至于瀛洲，离大明更遥远不说，而且地理位置并不怎么重要，又是真正的蛮荒之地，并不需要如都督府一般去精细治理。
须知，越精细的治理，朝廷所花费的成本便越多。
粗放一些，朝廷所花费的成本便少。
最后，经过连续三日的讨论，决定以革新的“卫所制”外加“公司制”来开辟瀛洲。
即朝廷先设立瀛洲都指挥使司，再成立大明瀛洲垦殖公司。
瀛洲都指挥使司简称瀛洲都司，归军务院管辖，属工屯军序列，也即是大明新军第四序列。
从大明工屯军，以及卫戍军、边防军、禁卫军、御林军的适龄退伍兵中招募兵员。
其军饷分为两部分，一为比照工屯军军饷的保底军饷，简称“底饷”。二为垦殖奖金。
底饷依旧由朝廷通过“军务院——军饷司——大明银行”这个途径发放。垦殖奖金则由垦殖公司根据当年的盈利按照一定百分比发放。
瀛洲都司的编制相比以前也大有改变。
都司之下只有卫、所、屯（堡）三级，编制大大缩小。
且都司军官都是由军务院任命的，而非世袭制。
另外不论是军官，还是普通士卒，都可以携带家人前往海外都司。普通士卒退伍后，还可以选择落户当地为移民。
至于军官，也可以落户海外，但不得在任职地落户，只能在其他的卫。防止其依仗权势成为以前那样的毒瘤式卫所军官。
都司设都指挥使一名，级同提督，为正一品武职。
另设都司同知、都司佥事各一名，为从一品文职（军队体系）。
然后就是都司各职能部门的都事、断事、经历等官吏了。
后面的卫、所、屯长官级别就比较低了，分别对应参将、千总、哨正（实称屯正）。
且经过联合会议讨论，其编制变
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