出乎王祥等人意料的。
不过最终的处置也并不轻，参与哗变的这六七万人，不管他们如何辩解说只是上山来找经略讨要个说法，但仍被文安之定义为哗变。
营官以上统统夺职押往南京听侯发落，营以下军官夺职，本品降三级，全都调到经略标营，组成一个教导营，在那里反省、改造。
至于说那几万士兵，原本是要整编成重庆镇营、四川督标、云南督标等，加起来要留用两万左右人。
但这次，文安之决定，原定留用的战兵，全都改为各部的辅兵，原打算留用的辅兵，全都裁撤。
四川督标、云南督标，都由其它各部抽调人马新建。
直接罢撤顺庆总兵，和镇营。
顺庆府划归御营行营，行营左协驻重庆，右协驻顺庆。
王应熊被迫请辞，这三天，王应熊和樊一蘅也早被查出跟此次哗变有关联，人证物证都有，难逃其咎。
两人请辞，将一同前往南京面圣，这也是文安之给他们留些情面，否则直接锁拿入京。
如此一来。
四川总督和云南总督皆空缺。
文安之直接让范文光为贵州总督兼巡抚。
让张岱为四川总督兼巡抚，李乾德为云南总督兼巡抚。
表奏朝廷以监军詹天颜为四川巡按，杨乔然仍为云南巡按。
贵督范文光、滇督李乾德各选兵士三千，充督标，命他们率标营返回本省，不再留在四川。
两位巡按各随本督同返。
张岱代四川总督兼巡抚后，标兵也为三千，由四川提督秦翼明、偏沅提督袁宗第各率本部三千，协助一同西进，收取成都。
文安之经略标营五千，秦良玉总统标营五千，加上御营川贵行营扩编至八千，驻防顺庆、重庆、夔州。
松潘总兵率本部三千省营回松潘驻防，建昌总兵曹勋率三千本部回建昌驻防。
忠勇镇总兵马万年，率本镇石柱白杆兵三千，移驻遵义。
地图上，文安之将整编后的各镇重新部署。
第一集团，是文安之和秦良玉两人的标营加上御营行营八千，一万八千兵马，驻防在顺庆重庆夔州这一线，主力仍驻凤凰山，既防止张献忠往川东走，突防去湖广，也做好随时加入汉中大战的准备。
可攻可守。
第二集团，由川督张岱，与四川提督秦翼明和偏沅提督袁宗第二将，联兵九千，前往收复已经被张献忠毁弃的
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