之后朱儁与皇甫嵩合作愉快，在镇压汝南、陈国地区的黄巾军时，连连取胜。皇甫嵩上表朝廷，将致胜之功推给朱儁，朝廷封朱儁为西乡侯，迁镇贼中郎将。
不久黄巾首领张曼成在南阳郡起兵，自称"神上使"，拥众数万，猎杀南阳郡太守褚贡，屯驻宛城，即时下河南省南阳市。朝廷派朱儁、荆州刺史徐璆，汇同秦颉，合兵近两万，进击宛城，双方拉据半年余，经过斗智斗勇，朱儁最终以少胜多，打败黄巾守军，斩杀首领韩忠。
翌年春，朝廷任命朱儁为右车骑将军。不久召其率兵回京，被任命光禄大夫，增加食邑五千户，改封钱塘侯，加位特进。后因母死离职回家服丧。服毕回归朝廷，任将作大匠，转任少府、太仆。
伴随黄巾起义，各地不满东汉苛政的农民，争相效仿，纷纷举义，说话大声的就自称"雷公"，骑了一匹白马的就自称"张白骑"，行动轻便的就说是"飞燕"，胡须多的就号称"于氏根"，大眼的就说"大目"等，这些乱民组织，多的二、三万人，小的也有六、七千人，内中有个名叫张燕的头领，自称聚众百万，占据黑山，屡侵河内郡，进逼京师。朝廷任命朱儁为河内太守，朱儁不辱使命，扼止了张燕的频繁进扰，后来张燕部大多被袁绍讨平。此后，朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。
公元189年，东汉政坛发生剧变，先是汉灵帝驾崩、继而大将军何进被"十常侍"所杀、接着地方军阀乱京、然后董卓废少帝立献帝等。把持朝政的董卓，表面亲近朱儁，内心则甚忌惮。
翌年，发生著名的"酸枣会盟"，关东州郡起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主。董卓因此恐惧，准备迁都长安。朱儁屡予阻止。董卓为求朱儁支持自己，上表汉献帝提任朱儁为太仆。使者去向朱儁宣示诏命时，朱儁不受，但再次表示反对迁都。
董卓最后还是强行迁都长安。留于洛阳的朱儁，便和山东诸将通谋，表示愿作内应，图除董卓。不想消息泄露，引起董卓戒备。朱儁害怕董卓袭杀自己，弃官逃往荆州，然后传信各个州郡，召请部队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来精兵三千，并上表奏任朱儁代理车骑将军。董卓派李傕、郭汜率军抵挡朱儁，并击败朱儁。朱儁退至关下，不再前进。
董卓死后，李傕采信太尉周忠、尚书贾诩的计策，以天子之诏征召朱儁入朝。陶谦等部将皆劝朱儁拒绝，朱儁以"为臣不可违天子令"为由，奉诏入京接替周忠的太仆之职，录尚书事。两年后，天上出现日食现象，朱儁被免太仆职
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