马文升立即支持，并受委任。汪直提出派人同往，马文升也没有同意。这一来，又得罪了汪直。汪直后来与刑部尚书林聪等勘边事，说辽东激变，是马文升禁止边方农器贸易所致。马文升申辩无用，被下诏狱，谪戍重庆卫。马文升在戍所滞留四年中，曾派儿子马琇前往榆林卫联络平安伯，因为马文升曾是三边总制，协调延绥、宁夏、甘肃三边军务，而章子俊当时刚任延绥巡抚，可以说马文升就是章子俊的上司。平安镇初建，曾上报总制大人榆林卫的状况及改进办法，马琇来到平安镇正是尔林兔保卫战刚刚结束，过后马琇回到重庆卫，把榆林卫的火器说给了老爹马文升，以少胜多用火器打败了骑兵，让马文升内心激动无比，可是目前朝廷当红宦官如日冲天，这事就一直埋在了马文升胸中，直到汪直失宠后，马文升才复官。
再次被起用，以左副都御史巡抚辽东。这是马文升第三次赴辽东。要求朝廷给予火枪营，结果此火枪非彼火枪也，直到成化二十一年，马文升回京，进官都察院右都御史，总督漕运。淮、徐、和一带饥荒，马文升移调江南的十万石粮及五万两盐价银予以赈济。同年冬，入朝任兵部尚书。但方士出身的通政司左通政李孜省要推荐他人掌兵部，在宪宗面前做了手脚，于成化二十二年（1486年）将马文升调任南京兵部尚书。
马文升不应，跟章子俊去往南京任户部尚书一样，接旨不动身，正当朝中有人开始针对马文升参本时，宪宗病亡太子即位，这一切发生的谁也想不到。
如今马文升入朝任兵部尚书，又是都察院左都御史，当然是要整顿一番，出于对李孜省之流的厌恶，他提出：“巡城御史及兵马司、锦衣卫逐一搜访，但有扶鸾祷圣、驱雷唤雨、捉鬼耳报一切邪术人等，及无名之人，俱限一月内尽逐出京。旋即又奉命提督十二团营严核诸将，黜贪懦者三十余人，又请于团营内选马步锐卒二千人，遇警征调，且遵洪武、永乐年间之制，五日一操，以二日走阵下营，三日演武，朱佑樘允行。
正当马文升在京城“搞风搞雨”弄的焦头烂额时，弘治二年（1489）三月二十一日，章子俊带着内眷公上缨、玉儿、目前是都察院都事的妹夫马恕，家将章越、章勇、季佑带三百营兵充当护卫及监军赵牧南下，前往商洛，从宜昌座船到衡阳，再南下到达桂林。
这么多的人，每到一地就要联络各地朝廷驿站，所以章越、章勇各带一旗前出，作为前队探查道路及联系客栈打前头。三百护卫营兵的锱重有百辆马车，主要装载营兵的睡具、头盔、护甲、
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