就在帕杰罗等待军事派和科学家派相互和解，然后携起手为帕杰罗科学发展做出贡献的时候，两派之间的仇怨却越来越激烈。两派不但在媒体上相互指责对方，相关的行动也开始展开。经过五十多年的发展，两者更是到了不死不休的地步。每一次召开会议的时候，双方就会开始无休止的争吵。
以至于那些秉持中立立场的帕杰罗人不得不选边站队，因为一旦他们不做出明确的选择, 就会在这场战争中被当做异类对待。
没错，当帕杰罗人终于从咕嘟兽的阴影下挣脱出来后，又陷入了内部的分裂。原来只是两派人对于帕杰罗文明发展途径的争论，正式开始撕裂帕杰罗文明。
由于帕杰罗军事派掌控了大部分军队，他们自然拥有了天然的优势，逐渐占据上风, 毕竟再利索的嘴皮子也不可能比一颗子弹厉害。
军事派掌控着的军队开始封锁科学派的实验室, 并且向外界宣告那些科学家们正在制作可以屠杀所有帕杰罗人的武器。这是一个相当荒谬的借口，因为帕杰罗人当时正处于一级文明的顶端，能制作出来的威力最大的武器也只不过是核武器，压根无法对全帕杰罗人造成伤害。所以大部分帕杰罗人压根不相信。不过帕杰罗军事派并不指望他们相信，他们只需要一个借口，一个可以大肆屠戮科学家们的借口。
没错，帕杰罗军事派已经对于让科学家们臣服失去了耐心，他们决定从肉体上把这些顽固的科学家们消灭掉。
于是，军事派开始筹划计划，不过他们也知道这次行动会引起巨大轰动，可能会让大部分帕杰罗人反感，于是在任务执行的时候，必须静悄悄的，更加关键的是，必须选择一个帕杰罗大科学家都聚在一起的场所。因为只有那样才能一举把那些顽固的科学家们歼灭。
和咕嘟兽的战争中，军事派的领导人变得异常有耐心，他们等待了足足五年，终于等到了帕杰罗大科学家们聚集在一起机会，然后立刻迫不及待的发动攻击。
所有的耐心总会有所回报, 待帕杰罗军事派把那个用作实验室的地堡团团围住的时候, 大部分科学家都在地窖里。面对全副武装的士兵，科学派的科学家们开始拿起武器全力反抗，当然，战争的结果以帕杰罗科学家们的失败而告终，他们留下的只是一具又一具尸体，然后军事派的人又用燃料把地窖全部都清洗了一遍，直到地窖内看不出任何战斗的痕迹，所有的士兵才算是撤出地窖。
然后军事派的首领对外发布消息，声称帕杰罗科学派的
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